Das Markgräflerland zwischen Schwarzwald und Rhein beherbergt eine große Vielfalt an Lebensräumen für seltene Tier- und Pflanzenarten, von der „Trockenaue“ mit lichten Wäldern und Magerrasen bis zur Vorbergzone mit ihren bunten (Obst-)Wiesen und Weinbergen.  

Die wertvollen Lebensräume sind vor allem in der Rheinebene durch Siedlungs- und Gewerbeflächen, Verkehrsachsen und intensiv landwirtschaftlich genutzte Flächen getrennt. Diese Trennung hat nachteilige Wirkungen für viele Tier- und Pflanzenarten. So hat zum Beispiel die Wildkatze große Probleme, von der Rheinaue in den Schwarzwald zu kommen. Wenn sie nicht überfahren wird, wie schon häufig geschehen, hat sie noch die ausgedehnten landwirtschaftlichen Flächen zu überwinden.   

Der landesweite Biotopverbund soll die Landschaft für Tiere und Pflanzen wieder „durchgängiger“ machen, soll ihre ökologischen Wechselbeziehungen bewahren, wiederherstellen und neu entwickeln.  

Als Modellregion für den landesweiten Biotopverbund wurde im Regierungsbezirk Freiburg das Markgräflerland ausgewählt. Dabei geht es nicht um die Ausweisung neuer Schutzgebiete, sondern um die Erkundung verschiedener Möglichkeiten zu einer freiwilligen Umsetzung, z.B. über Ausgleichs- und Ökokontomaßnahmen. Daher haben zahlreiche Städte und Gemeinden Interesse an dem Projekt.